全自動氣相色譜儀應該在溫度和相對濕度分別為5~35℃和0~85%的范圍內使用。推薦在人們感到舒適的環境下使用（適當的恒溫、恒濕條件）。這樣，儀器才能發揮其優勢性能，儀器的使用壽命也長。如果將儀器暴露在腐蝕性物質（不管是氣體、液體還是固體）中，可能會損壞儀器的材料和零部件，降低儀器的使用壽命，所以應該避免。安裝儀器的房間應當裝有排風扇，保證室內空氣的流通。
全自動氣相色譜儀中色譜柱和恒溫器的作用是什么？
(1)色譜柱的作用是把混合物分離成單一組分。一般常用不銹鋼管或銅管內填充固定相構成，管子成U型或螺絲形。一般柱管內徑為2—8mm，還有內徑更小的稱為毛細管色譜柱，柱管長度一般為1-4m或更長。
(2)恒溫器是為了保持色譜柱或檢測器內的溫度恒定，色譜柱和檢測器多置于恒溫器內。一般常采用空氣恒溫方式。進樣器把樣品通進色譜柱的元件稱進樣器，其中包括汽化室和進樣工具，汽化室的作用是將液體或固體樣品瞬間汽化為蒸汽。進樣工具常有定量閥和注射器。檢測器又稱鑒定器是用來檢測柱后流出的組分，并以電壓或電流信號顯示出來，常用的檢測器有熱導池式；氫火焰離子化式；電子捕獲式和火焰光度式檢測器數種。自動記錄儀記錄儀的作用是將檢測器輸出的信號記錄下來，作為定性，定量分析的依據。
全自動氣相色譜儀的絕緣地線必須牢固地接在裝置上。以便保證安全用電。不要用夾子把地線夾在管子或接地柱上。也不要使用其它會使接頭松動的方法來連接。接頭必須用銅焊或錫焊，盡可能減小接地接頭處絕緣電阻的下降。如果按裝得不合適，在接頭處就可以量到電阻，再加上地線上的電阻就會使絕緣的接地裝置上產生我們所不希望的電勢。在安裝地線的時侯要預防它偶然和其它地線接觸這會給絕緣帶來不良的影響。絕緣線必須接在配電盤的絕緣母線上，再從配電盤上通過接頭和電源地線分別接到儀器系統的各個單元上。絕緣母線可由配電盤上的接地板構成。
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